椎动脉型颈椎病的发病机制至今尚未完全阐明。目前较公认的发病机制是由于椎间盘退变狭窄时，钩椎关节受挤压向外增生，使椎动脉受压或受刺.激痉挛或扭曲产生症状，引起脑缺血，产生头晕、头痛等症状。其他发病机制还有：椎节不稳压迫或刺激椎动脉周围神经丛;椎动脉横突孔骨性狭窄或先天发育纤细;钩椎关节增生之骨赘压迫椎动脉或刺激周围神经丛;神经介质介导发病过程，由此引起椎动脉血流动力学障碍，出现脑组织供血不足症状。但近年来有较多作者对疾病诊断存在的合理性提出了质疑。通过实验证实，椎动脉完全闭锁尚不引起脑组织供血不足，指出椎动脉造影显示椎动脉受压、扭曲以及钩椎关节肥大增生可能不能作为椎动脉型颈椎病的直接诊断依据。第二次座谈会的“诊断标准”也认为“椎动脉型颈椎病的诊断问题是有待于研究的问题”。周秉文认为如保留此型，应加影像学的确切依据。